Audit SPBE terbagi dua menjadi audit Aplikasi (umum dan khusus) dan Infrastruktur (infrastruktur nasional dan infrastruktur Instansi Pusat dan Pemerintah Daerah / IPPD) SPBE. Audit Aplikasi Sistem Pemerintahan Berbasis Elektronik adalah pemeriksaan/evaluasi secara sistematis dan obyektif dalam rangka memberikan nilai tambah atau meningkatkan kinerja terhadap Aplikasi Sistem Pemerintahan Berbasis Elektronik.